Comuna Cleja este situată în partea central – vestică a judeţului Bacău, în aval de barajul Galbeni şi în amonte de lacul de acumulare Răcăciuni. Ea se află așezată pe malul drept al Râului Siret, la circa 18 km sud de municipiul Bacău. Comuna Cleja se învecineaza cu teritoriul administrativ al următoarelor comune:
– la Nord, cu teritoriul administrativ al comunei Faraoani;
– la Sud, cu teritoriul administrativ al comunei Racaciuni;
– la Est, cu teritoriul administrativ al comunei Cleja;
– la Vest, cu teritoriul adminstrativ al comunei Helegiu şi Livezi.
Relatiile în teritoriu ale comunei Cleja cu comunele invecinate sunt realizate prin urmatoarele drumuri importante:
– DN 2 (E85), prin satul Cleja, cu comuna Faraoani, spre Nord şi spre Sud, cu comuna Răcăciuni;
– DJ 119, prin satul Somusca cu comunele Faraoani, spre Nord şi Racaciuni, spre Sud. Localităţile componente ale Unităţii Administrativ Teritoriale : Cleja, Somuşca și Valea Mică.
Comuna Cleja este memebru fondator al grupului de Actiune Locală ”Confluențe Moldave”, alături de alte 6 comune.